EMDR nopeuttaa haitallisten muistojen käsittelyä, auttamalla jumittunutta muistiainesta integroitumaan adaptiivisemmin uudelleenprosessoinnin ansiosta. Traumaattisen tapahtuman aikana tietojen käsittely ei toimi normaalisti, vaan aivojen toiminta ajautuu epätasapainoon. EMDR-hoidon avulla tämä muistiaines alkaa uudelleenprosessoitua, jolloin myös muiston käsittely helpottuu. Tämän ansiosta luonnollinen ja adaptiivisempi tapa käsitellä muistoa aktivoituu.
Hoidon tärkeimpänä päämääränä on vapauttaa asiakas menneisyyden haitallisista muistoista ja niiden epätasapainoon ajavista vaikutuksista siten, että hän saa takaisin kykynsä tehdä myönteisempiä ja joustavampia valintoja nykyisyydessä.